肝内胆管结石是肯定不会自愈的，要根据结石的分布、结石的量以及有无引起肝脏形态改变和导致胆管炎，来决定是否行手术或其他干预治疗。仅仅少量局灶性肝叶的小结石是不需要处理的；而结石阻塞主要的胆道，如左右肝管、胆总管则会引起明显的胆管炎、梗阻性黄疸，需要急诊穿刺引流或手术干预；结石如果导致肝脏形态改变或继发癌变，是需要行部分肝叶切除的。