甲状腺相关眼病治疗包括全身治疗和眼部治疗。全身治疗主要是治疗甲状腺功能异常，应在内分泌科医生指导下进行。眼部治疗包括药物、放射治疗、手术治疗。由于甲状腺相关眼病的病因和发病机制尚未完全阐明，目前仍缺乏病因治疗。临床中主要遵循早期和长期、治疗措施个体化等原则。
一、药物治疗
1、糖皮质激素类或者其他免疫抑制剂：具有抗炎和抗免疫作用，适用于疾病早期，以抑制炎症反应。静脉、口服、眼眶注射就可以作为给药方式。有糖皮质激素禁忌的抗炎使用其他免疫抑制剂，如环孢素。抗炎配合脱水剂利于减轻眼眶水肿，适用于炎症活动期患者。
2、肾上腺素能阻滞剂：硫酸胍乙啶眼液可产生化学性交感神经切除作用，缓解眼睑退缩。
3、肉毒杆菌素A：肉毒杆菌素A可应用于提上睑肌痉挛导致的上睑退缩和其他眼外肌痉挛导致的斜视，但治疗作用仅能维持数周至半年左右，需反复注射。
二、手术治疗
1、眼睑退缩矫正术：适合于眼睑退缩严重，睑裂过大，继发暴露性角膜炎或影响外观患者。
2、眼肌病的手术治疗：限制性眼外肌病是TAO最常见的临床表现之一，眼外肌的炎症、水肿和纤维化是导致肌肉丧失运动功能的原因。
3、眼眶减压术：眼眶减压是治疗严重病例较有效的方法，适合于甲亢控制稳定、继发视神经病变需解除眶尖压力者，或严重眼球突出继发暴露性角膜炎者。
4、脂肪切除术：眼球突出程度较轻者，可切除眶内脂肪，尤其是肌锥内脂肪，达到缓解症状的目的。
三、放射治疗
适用于药物治疗无效或者有禁忌症的患者，适用于早期或者活动期的患者。为避免晶状体损伤，一般采取双颞侧照射。
四、其他治疗
肉毒杆菌素A可以治疗眼睑退缩，可以治疗恒定期的限制性眼外肌病患者，减轻复视症状。角膜暴露者可以考虑白天使用人工泪液，晚上涂眼膏或者配戴湿房镜。