甲亢患者妊娠以后可以选择的抗甲状腺药物，包括甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶。但是在孕早期，由于甲巯咪唑通过胎盘的比率比较高，而且也发现容易造成胎儿畸形，临床在孕早期建议使用丙硫氧嘧啶。丙硫氧嘧啶孕早期，通过胎盘比率相对少，造成胎儿畸形的比率要比甲巯咪唑少，因此在孕早期使用丙硫氧嘧啶更加安全。但是随着孕周增加，孕中、晚期可以改成甲巯咪唑，因为甲巯咪唑肝毒性更小。
治疗甲亢孕期所选用的药物，孕中、晚期是否有必要由甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶改成甲巯咪唑，需要在医生指导下，评估所用的丙硫氧嘧啶是否安全，同时病情是否得到明显控制。为了避免由于改动药物治疗带来的病情波动，可能影响围产期安全，因此需要在医生指导下合理选择药物和剂量，需要定期复查。另外，女性如果在怀孕之前就有甲亢，而且病情非常稳定，使用抗甲状腺药物剂量、维持剂量非常少，甲功化验完全正常，没有明显甲肿还有突眼，可以在大夫指导下，怀孕以后考虑临时停用抗甲状腺的药物。