中毒性菌痢的病情凶险，需要及时治疗，治疗周期视患者病情决定，目前治疗主要为降温止惊，抗菌治疗，纠正循环血量，防止脑水肿。
一、药物治疗
1、氯丙嗪：本药适用于各种原因导致的呕吐或者顽固性呃逆，基底神经节病变、帕金森病、帕金森综合征、骨髓移植、青光眼及昏迷病人禁用。
2、糖皮质激素：防治脑水肿和呼吸衰竭可以短期给予地塞米松注射，但是高血压病、青光眼患者一般禁用。
3、抗菌素：为迅速控制感染，通常选用两种痢疾杆菌敏感的抗生素静脉滴注，因近年来痢疾杆菌对氨苄青霉素、庆大霉素等耐药菌株日益增多，故可选用丁胺卡那霉素、头孢噻肟和头孢曲松钠等药物。
二、手术治疗
中毒性菌痢无手术治疗。
三、其他治疗
物理降温：可用冰袋冰枕敷枕部及四肢，或用乙醇擦浴、湿敷，空调降低室内温度等方式，使患者可暂时性的缓解患者的高热症状。