藿香正气水的主要作用是用于治疗胃肠感冒，或者胃肠炎症见脘腹胀痛、呕吐、泄泻或者发热、头痛、头昏、身痛等，此时的腹痛，症状较轻的可以喝藿香正气水缓解，但是如果疼痛特别严重，这种药物没有止痛的作用，如果想止痛可以吃缓解平滑肌痉挛的药物，如654-2或者颠茄片治疗，控制疼痛的现象。
同时肚子疼痛还可以用热水袋热敷，这样也能够缓解疼痛，在这期间需要注意保暖，不要着凉，还需要注意清淡饮食，不要吃生冷的瓜果之类的食物，避免导致胃肠痉挛加重肚子疼痛的现象。如果口服藿香正气水腹痛无明显好转，则建议到医院检查，明确病因后再针对性的治疗。