上呼吸道感染与新型冠状病毒感染是不同的概念。上呼吸道感染多由病菌引起，感染范围局限于上呼吸道。而新型冠状病毒感染可引起呼吸道感染，但一般不将其诊断为上呼吸道感染，而称之为新型冠状病毒感染。
临床表现也有所不同，上呼吸道感染多表现为清鼻涕、打喷嚏、咽痛、咳嗽、乏力、低热等症状。而新型冠状病毒感染则常见发热、咳嗽、乏力、胸闷等，严重情况下可导致呼吸衰竭、休克及肾功能障碍。
但有时，新型冠状病毒感染也可能仅表现为清鼻涕、打喷嚏等症状，与上呼吸道感染相似。因此，进行鉴别诊断时，可能需要依靠新型冠状病毒核酸检测等辅助手段。