1、脑脊液检查：脑脊液压力明显升高，如导致视乳头水肿等，应列为禁忌，在急性脑炎阶段，脑脊液细胞数常增高，糖和氯化物降低，但脓肿形成后，细胞数多降至正常，因小儿脑脓肿多出现颅内压增高，此项检查不应列为常规，建议尽早行头部CT或MRI检查。
2、头颅X线平片：有助于脓肿原发灶的发现，如耳源性脑脓肿可见颞骨岩部和乳突气房的骨质硬化或破坏，外伤性脓肿可见颅内碎骨片或异物。
3、头部CT：根据病变的不同发展阶段而不同，在急性脑炎阶段，平扫可显示边缘模糊的低密度灶，占位效应和周围水肿明显，增强扫描不强化。在化脓阶段，平扫仍为低密度灶，增强扫描可见病灶周围不规则浅淡的环状强化。在包膜形成阶段，平扫有5%的患儿可在低密度水肿区内见到脓肿壁，增强可见完整、边界清楚、厚度均一的明显环状强化。合并厌氧菌感染时可见脓腔内形成气液平面，有明显占位效应时可见脑室系统扩大或受压移位。
4、头部核磁共振：因脓肿形成的时间不同而有不同表现，包膜未形成前，表现为边界不清、不规则、水肿带明显的长T1、长T2信号影，有明显占位效应。在包膜形成后，T1显示边界清楚、信号均匀的类圆形低或等信号影，T2显示为高信号，有时可见周边圆形点状低信号血管流空效应。
5、血常规检查：血常规检查对中枢神经系统局灶性化脓性感染的诊断通常无特殊意义，大约50%的脑脓肿患儿外周血白细胞轻度增多，伴发脑膜炎的患者白细胞明显增高(＞20×10^9/L)，可有核左移(杆状核超过7%)。
6、血液检查：C反应蛋白对于鉴别颅内化脓性疾病(如脑脓肿)和非感染性疾病(如肿瘤)有一定的价值，C反应蛋白升高较白细胞增多或血沉加快对颅内脓肿的提示更敏感，但无特异性。
7、血培养：血培养阳性率较低(约10%)，但如阳性则对诊断有特异性意义。