注射了流感疫苗，也有可能被感染流感。因为流感病毒最大的特点就是不断发生变异，不断变化到一定程度，可以发生抗原的转换，而形成新的亚型。目前的流感疫苗只能针对某些亚型，不能覆盖所有的亚型。所以，即使注射流感疫苗，只能对注射某些亚型有效，不能对所有的流感都有效，可以感染新的流感病毒。
流感疫苗的免疫期较短，一般是6-10个月，所以如果超过免疫期，注射的疫苗也一般不再有效，可能会感染新的流感病毒。流感疫苗可以分为甲、乙、丙三型，而且甲型流感就可以分为几十种亚型，不同亚型之间交叉免疫力不强，所以注射了某种流感疫苗以后，不能覆盖所有的流感病毒感染。