1、器官特异性自身免疫性疾病：患者病变通常只局限于具有某种自身抗原的特定器官，而极少累及其他组织器官的自身免疫性疾病，如桥本甲状腺炎和重症肌无力等。
2、系统性自身免疫性疾病：机体针对多种自身抗原产生的病变，累及多个组织器官的病理性免疫反应，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、多发性硬化症、皮肌炎、多肌炎、血管炎和干燥症等弥漫性结缔组织病。