滤泡性结膜炎发病急骤，常双眼发病，双眼可先后发病，表现为结膜充血、分泌物增多、滤泡增生。
1、结膜充血：一般接近上下穹窿部，充血越厉害，越靠近角膜，呈鲜红色。血管呈网状、树枝状，推动球结膜时血管随之移动。
2、分泌物增多：一般细菌感染可出现大量脓性分泌物，晨起时可粘连上下眼睑导致睁眼困难，病毒感染主要是水样分泌物，有时可形成假膜。
3、滤泡增生：裂隙灯下可见滤泡大小不一，呈圆形或不规则形、不透明，凸起于结膜面，数量一般较多，可互相融合排列成行，以下睑结膜及下穹窿部为多。