儿童遗粪症主要和心理、习惯养成、特殊体质、遗传因素等有关，高发人群有焦虑患儿、抑郁患儿、受过精神创伤的儿童、无排便训练的儿童。
如果患儿长期有功能性便秘或是肥胖儿，较普通儿童更易患病。如果家族内有人患过遗粪症，那么家族内其他儿童较普通儿童更易患病。
儿童遗粪症是一种慢性行为问题，病因比较复杂，目前尚无统一和公认的诊断标准。