肾积水自愈的可能性较小，仅限于少数疾病，如小的输尿管结石。如果采用自行排石，结石排出后肾积水可缓解。肾积水主要是由于尿液从肾盂排除受阻，蓄积后生理压力增高，肾盂伸展扩张，肾实质萎缩功能减退，肾积水的原因是输尿管梗阻。
泌尿系统的梗阻，由于原发的病因和梗阻部位程度和时间长短不一，肾积水的临床表现也不尽相同，有的时候可全无症状。若并发感染，可出现急性肾盂肾炎症状，如果积水时间较长，可能导致肾功能减退甚至肾衰，肾积水的治疗就应当根据梗阻的病因、发病的缓急、梗阻的严重程度、有无并发症以及肾功能损害来综合考虑。
肾积水时，尿路梗阻所在梗阻时间长短，对肾功能影响也起了关键作用，必须解除梗阻是治疗的首要任务。如果病人病情危重，暂时无法解除梗阻，可以先引流尿液，在症状缓解后，再解除梗阻。对于已经出现肾功能损害的，可以先行相关治疗，如解除梗阻，同时辅助以血液透析等处理。