眼球后退综合征的治疗原则是第一眼位无明显斜视和代偿头位者无特殊治疗，对有明显代偿头位和第一眼位有斜视者可手术治疗，矫正屈光不正和弱视是治疗眼球后退综合征的关键。
一、药物治疗
阿托品能使假性近视消失，可以减轻半真性近视，可以作为眼球后退综合征的长期滴眼治疗。禁用于合并有青光眼、前列腺肥大、儿童脑外伤、唐氏综合征、痉挛性瘫痪的患者。
二、手术治疗
患者有明显的代偿头位，原在位有大角度斜视，内转时有明显的上射或者下射，内转时睑裂有明显的变化，严重影响外观，均应进行眼球后退综合征手术治疗。眼球后退综合征手术方式的选择是根据患者临床表现决定。手术方式包括针对原在位内斜的手术方式、针对原在位外斜的手术方式、解决眼球后退的手术方式以及解决上下射的手术方式。
1、原在位内斜：1、单侧内直肌后徙术：1、适应症：内斜≤20°；被动牵拉试验显示内直肌挛缩；眼球外转不过中线。
2、单侧内直肌后徙术是治疗眼球后退综合征的一种传统术式，尽管这是一个很简单的手术，但可以有效改善眼位、头位及消除上射或下射的问题，同时很少引起垂直斜视及过矫的问题。内直肌后徙时手术量应＜6ｍｍ，这样可以有效防止医源性外斜视的产生。
2、双眼内直肌后徙术：1、适应症：大角度的内斜视；严重的眼球后退；患侧内直肌挛缩。
2、单侧的眼球后退综合征如果内斜度数大于20°，单侧的内直肌后徙量＜6ｍｍ，将不能解决患者的内斜视，这时可以做双侧内直肌后徙来改善眼位、头位。当患者存在大角度内斜视或者严重的眼球后退时，健眼所做的手术量由患眼做内直肌后徙后残存的斜视度决定，一般不超过5~6ｍｍ。
3、单眼内直肌后徙＋外直肌缩短：1、适应症：眼位≥25°；轻度眼球后退，内转时睑裂缩小＜33％；内转功能正常；严重外转受限；没有或者有轻度上下射现象。
2、这种术式适用于轻度眼球后退且内转功能正常的患者，且外直肌的缩短应该小于35ｍｍ，同时内直肌的后徙不超过5ｍｍ，这样可最低程度地避免对内收功能和眼球后退的影响。而且患者的眼位＞15°可以降低过矫的风险。
2、原在位外斜：1、单侧的眼球后退综合征Ⅱ型原在位斜视度＜20°时，最经典的术式是单眼外直肌后徙。原在位斜视度＞20°时，可做双侧。术后斜视平均度数＜10°，头位＜10°，手术成功率63％。手术成功定义为术后斜视＜10°，头位＜10°，立体视＜100弧秒。但是患者外转功能严重受限时，单眼外直肌后徙会加重外转受限，所以有时会做非对称型双眼外直肌后徙。在眼球后退综合征Ⅱ型型患者中眼球后退一般是中重度，所以仅做外直肌后徙并不能达到很好的效果。
2、对于双侧的眼球后退综合征Ⅱ型，需要根据具体情况选择术式，行双侧外直肌后徙术成功率是70％。
3、眼球后退：眼球后退一般都需要同时做内外直肌的后徙，正常内直肌后徙5~6ｍｍ，外直肌后徙7~9ｍｍ。如果原在位存在内斜视时，内直肌后徙量大于外直肌。一般成年人的后徙量应大于儿童。
三、其他治疗
1、遮盖法：眼球后退综合征多合并弱视，遮盖法可用于弱视的治疗，能够矫正弱视，可根据年龄选择遮盖健侧眼睛的时间。
2、配镜：眼球后退综合征多合并屈光不正，配镜能改善屈光不正的情况，根据具体情况选择配戴近视眼镜、远视眼镜、散光眼镜等。