过量食用木糖醇是有危害的，首先木糖醇虽然具有低热量的优势，但也并非没有热量。从分子结构上看，木糖醇和葡萄糖一样，都是由碳、氢、氧组成的碳水化合物，它的分子式是五碳糖醇，是木糖代谢的中间正常产物，在人体内被氧化以后也可以释放出热量，热量是可以导致肥胖的。很多人错误的认为木糖醇热量很低，不会导致发胖，所以在吃木糖醇食品的时候往往没有节制，过多摄入木糖醇，结果导致木糖醇在体内氧化以后释放出过多的热量，导致肥胖和高脂血症。
木糖醇的危害还包括对于糖尿病患者来说，经常过量、过多摄入木糖醇会造成血中甘油三酯含量增高，导致冠状动脉粥样硬化，因此糖尿病病人和高血压病人都不适宜过量、过多食用木糖醇。
另外木糖醇在体内代谢的初期可能不需要胰岛素参与，但在代谢的后期却需要胰岛素的促进，因此糖尿病患者虽然可以吃木糖醇，但不适于过多、过量。而由于胰岛素的问题而诱发低血糖的病人要禁止食用木糖醇，因为木糖醇不能代替葡萄糖纠正代谢的紊乱，也不能降低血糖、尿糖，改善临床症状。
木糖醇的危害还在于摄入过多容易伤肠胃，它往往不被胃酶分解而直接进入肠道，但是它在肠道内吸收率比较低，很容易在肠壁上积累，从而导致渗透性的腹泻，而对胃肠有一定的刺激，可能引起腹部不适、胀气、肠鸣。
另外有不少人在吃木糖醇，咀嚼次数和时间没有节制，甚至从早到晚木糖醇不离口，在不知不觉中对自身的健康造成伤害。