根据不同病因引起的输卵管性不孕、病情程度及生育要求，可采用个体化处理措施。可采用保守治疗如药物治疗、中医针灸、推拿，也可手术治疗如输卵管通液术等。同时也要对输卵管性不孕的患者做心理疏导，有助于病情的恢复。
一、药物治疗
第二代头孢菌素或相当于第二代头孢菌素的药物及第三代头孢菌素或相当于第三代头孢菌素的药物，如头孢西丁钠或头孢替安，其他可选用头孢呋辛钠、头孢唑肟钠、头孢曲松钠、头孢噻肟钠。临床症状改善至少24小时后转为口服药物治疗对不能耐受多西环素者，可用阿奇霉素替代。对输卵管卵巢脓肿的患者，可加用克林霉素或甲硝唑，从而更有效的对抗厌氧菌。
二、手术治疗
1、宫腔镜下插管通液术：该手术只针对输卵管近端轻微堵塞，对远端堵塞毫无作用，且反复做输卵管通液术可能会使患者输卵管阻塞的程度更加严重，且患者痛苦无比。如果没有宫腔镜辅助，液体会残留在输卵管内，造成输卵管积液，加重病情。宫腔镜下插管通液术可作为导丝手术辅助物理治疗，不仅能够直观观察术后输卵管是否通畅，还能有效预防术后再次粘连。
2、显微外科手术：显微外科手术是治疗输卵管因素不孕症方法之一，常用于输卵管结扎术后需再生育或因炎症致输卵管阻塞性不孕患者实施输卵管吻合术，术中切除结扎后的瘢痕组织或炎症阻塞部分，将两断端靠拢缝合达到输卵管通畅。
（1）对于输卵管间质部阻塞的患者实施输卵管植入宫角部手术，即切除阻塞部分的输卵管并在宫角做锥形切口，将输卵管的通畅部分植入宫腔。
（2）对输卵管远端周围组织粘连的患者，在保守治疗无效时行粘连分离术，术中要注意避免损伤伞端周围的血管和输卵管的浆膜层，以防止周围组织的再次粘连和输卵管狭窄。
（3）对输卵管远端组织完全粘连闭锁或积液形成结节无法分离时，则只能进行输卵管造口术及输卵管伞端成型术。
3、腹腔镜：腹腔镜技术可对盆腔进行更加直观全方位观察，从而对子宫、卵巢、输卵管的形态及病变做出评价并治疗。
4、微内窥镜：微内窥镜可以观察输卵管内部的生理或病理状况，可对某些输卵管病变进行治疗。经阴道注水腹腔镜是在腹部B超监视下从宫颈下方10mm处穿刺入子宫直肠陷凹，用微型腹腔镜插入盆腔进行观察，达到治疗效果。
5、导丝介入术：导丝介入术是一种微创介入诊治输卵管堵塞性不孕的技术，在宫腔镜直视下通过电脑监视系统，将导管导丝经过阴道、宫腔送入输卵管阻塞部位，通过导丝疏通堵塞的输卵管，并向堵塞部位注入疏通液。此疗法作用直接，安全无痛、疗效明显，避免了传统反复通水、通气、药物给患者带来的痛苦。