卵巢巧克力囊肿也就是卵巢子宫内膜异位囊肿，目前没有什么特效药，主要是用药物来控制生长和减少。卵巢巧克力囊肿引起的临床症状，可以口服避孕药或者是肌注GnHRa药。GnHRa肌注的药物也不能够长期的使用，一般只能使用3-6个月，在用药的过程中可以有效的控制卵巢巧克力囊肿的生长，但是往往在停药以后，由于来月经还会继续的生长。可以用些中药，如散结镇痛、止痛化瘀胶囊，来治疗因为卵巢巧克力囊肿引起的痛经。当卵巢巧克力囊肿长大以后，或者由于卵巢巧克力囊肿引起不孕症，这个时候往往需要手术治疗。