尿道衣原体的感染常见于非淋菌性尿道炎，非淋菌性尿道炎的治疗要根据病原体来选择抗生素。主要是针对衣原体和支原体，推荐的治疗方案为口服阿奇霉素，替代的方案为口服红霉素，或口服氧氟沙星、左氧氟沙星。
患者的性伴侣须同时检查治疗，在治疗结束前或口服单剂药物治疗等时，双方应避免性接触，只有症状而无尿道炎体征，或实验室证据不足以作为复发的根据。治愈的标准为临床症状消失一周以上、尿液澄清、尿道口无分泌物、尿沉渣镜检阴性、尿道刮片阴性、宫颈刮片阴性，且支原体、衣原体的检测阴性。