由于继发性甲状旁腺功能亢进症病因不同，处理时也有区别，主要是去除刺激因素如血钙过低等。治疗主要措施有降低血磷及控制过高的甲状旁腺激素水平，可选择活性维生素D及其类似物、拟钙剂等药物，对于药物难治性继发性甲状旁腺功能亢进症患者来说甲状旁腺切除术非常有必要。
一、药物治疗
1、维生素D：
（1）单纯维生素D缺乏和假性甲状旁腺功能减退症，一般仅需补充适量维生素D，纠正血钙、磷异常。
（2）在肾小管病变所致的低磷血症和维生素D代谢障碍时，宜补充中性磷酸盐(如碳酸钙、醋酸钙)，并联合应用维生素D。
（3）慢性肾功能不全或衰竭时口服氢氧化铝或碳酸铝能结合大量无机磷，可有效地减少磷吸收，如骨病轻微者，有时可见效。但铝化物与活性维生素D合用时，易导致铝过多或慢性铝中毒，因此在应用维生素D治疗时应慎用铝盐治疗。口服钙盐或增加透析液含钙量，以补充缺钙和抑制甲状旁腺分泌。小心使用维生素D，可自小剂量开始，3~4周后如需要，可渐增加剂量，每日小剂量增加或使用其活化制剂。在应用维生素D同时，应保持每2~4周测血钙，若出现高钙血症应停药。
2、1,25-(OH)D：存在严重的继发性甲状旁腺功能亢进症患者，可应用1,25-(OH)D予以治疗。
3、骨化三醇：可恢复肠道对钙的正常吸收，并纠正低血钙的情况，有利于缓解肌肉、骨骼肌肉痛，还可降低血清甲状旁腺激素。
二、手术治疗
对于单发甲状旁腺腺瘤，切除腺瘤所在的腺体就能达到治疗效果，92.1%的病例出现术后一过性甲旁低后(中位时间2.5个月)，甲状旁腺素都能控制在正常范围(中位随访时间18个月)。甲状旁腺增生的手术方式相对复杂，可有以下几种。
1、甲状旁腺全切除：为早期治疗方式，后因该术式可造成终身缺乏甲状旁腺激素，须服用活性维生素D及钙片，十分不便，目前已很少采用。
2、甲状旁腺次全切除：双侧颈部探查后，切除全部肿大的甲状旁腺，仅选择最小的无结节状增生的甲状旁腺保留40~60rag。
3、甲状旁腺全切除并自体移植：切除全部甲状旁腺组织，经冰冻切片病理学证实后，取弥漫增生部分腺体切成1mm小片，约20~30片，分别种植到病人前臂或颈部肌肉床内。术后可通过测定左右上肢血甲状旁腺激素值，判断移植片功能。大量临床资料证明此手术安全、有效、复发率低，复发后在前臂作二次手术切除也较简单。肉眼下将移植腺体切割的越细小越好，术后更容易成活，功能维持也较好。
三、其他治疗
透析疗法：不仅可以使血中尿素氮、肌酐降低，还可纠正血中钙磷变化，透析液中适宜的钙浓度，可以提高血钙，抑制甲旁亢。不含磷透析液只能短期应用，否则可产生软骨病和精神失常。应用透析性能较好聚丙烯透析膜，还能清除未能很好降解的甲状旁腺激素产物。