结核分枝杆菌阴性指标本中未查到结核分枝杆菌，不支持结核病的诊断。如果是经过抗结核治疗以后复查，表示痰菌阴性。结核分枝杆菌一般是在痰中、胸水中、腹水中等标本中，涂片或者痰培养检查结核分枝杆菌。结核分枝杆菌是结核病的病原体，可以分为人型结核分枝杆菌、牛型结核分枝杆菌等几种类型。
人结核分枝杆菌为人类结核病的病原体，预防结核病的卡介苗来自于牛型结核分枝杆菌，利用人结核分枝杆菌与牛结核杆菌的抗原交叉免疫原性，提供免疫保护，结核分枝杆菌又称为抗酸杆菌。需要注意的是，查到结核分枝杆菌阳性提示有传染性，需要隔离治疗，如果抗结核治疗后结核分枝杆菌阴性，提示传染性消失或减少，但是标本存在假阴性的可能，需要多次复查，更有意义。