有些甲减的情况可以自愈，比如亚急性甲状腺炎，是病毒相关的自限性疾病，随着亚急性甲状腺炎的痊愈，很少遗留甲状腺功能的减退，即使在病程过程当中出现了一过性的甲减，但往往都能自愈，还有就是产后甲状腺炎，是发生在产后一年之内，甲状腺自身免疫性的损伤可以出现一过性的甲状腺功能增高，也可以出现一过性的甲状腺损伤造成甲减，但是随着时间的推移往往在一年以后都能自愈。
另外，还有一种情况就是甲亢，使用抗甲状腺的药物治疗，随着甲亢的好转，出现的药物性甲减也能够自愈。如果是由于甲状腺进行手术或者是甲状腺自身免疫性严重的炎症，像最常见的桥本甲状腺炎或者甲亢使用了碘-131治疗，患有甲状腺癌进行甲状腺的切除，所引起的甲状腺功能减退，是终身性的疾病，患者不能在治疗过程当中自主的来决定减药、增药或停用药物，需要长期的治疗，这种情况甲减不能自愈。