一、表皮囊肿的药物治疗
1、抗生素：表皮囊肿感染患者首先要控制感染，可口服左氧氟沙星、头孢呋辛片等消炎药。
2、糖皮质激素：可选用曲安奈德在皮损内注射，加速炎症消退。
二、表皮囊肿的手术治疗
1、完全切除：对于出现在面部的囊肿，如果囊肿较小可完整切除，切除后可通过用美容缝合恢复皮肤。如果囊肿较大导致不易直接切除，可以先在囊肿的表面开口取出囊壁，减少复发率。如果引起继发感染，囊肿外壁脆弱，会给手术治疗带来困难。
2、切开引流：当囊肿内有积液、化脓时，可切开引流，但是极易复发，需要再次手术治疗。
三、表皮囊肿的其他治疗
如果发生恶变可进行放射性治疗，局部放疗可降低囊肿复发的风险。