慢性胃炎需要与消化系统疾病鉴别，如功能性消化不良、胃溃疡、胃癌、慢性肝炎、肝硬化、肝癌、肠道菌群紊乱、功能性胃肠病、慢性胆囊炎、慢性胆管炎、胆结石、慢性胰腺炎以及胰腺癌等。其他系统的疾病需要鉴别的有肾脏病，尤其是肾功能不全、糖尿病，尤其是糖尿病引起的胃轻瘫等。另外还有厌食症、焦虑症等，都需要鉴别。
慢性胃炎的症状有食欲不振、恶心、嗳气、上腹隐痛、上腹不适、饱胀等，这些没有特异性，因此需要做一些相关检查来鉴别。需要做胃肠镜、腹部B超、肝肾功能、电解质、血糖、肾功能、甲状腺功能，以及血、尿、粪常规，之后才做出最后的诊断，再根据诊断结果做一些相应的处理。