如果是急性胃肠炎患者一般需要应用抑酸、保护黏膜、调节肠道菌群、助消化，必要时可以加用抗生素来抗感染治疗。
抑酸药物可以选择奥美拉唑、泮托拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等，保护黏膜药物可以选择硫糖铝、镁加混悬液、甘羟铝等，助消化药物可以选择米曲菌胰酶片、复方消化酶；
调节肠道菌群药物可以选择地衣芽胞杆菌、枯草杆菌二联活菌胶囊、双歧杆菌三联活菌片等，抗生素一般建议选择左氧氟沙星、头孢他啶以及替硝唑、奥硝唑等。
如果是慢性胃肠炎患者，一般多选用抑酸、保护黏膜、助消化、调节肠道菌群以及解痉的药物，可以根据患者症状来进行选择。