做无痛肠镜是全麻，在做无痛肠镜的时候，麻醉以后病人没有任何感觉，就像睡了一觉，肠镜也就做完了。比较顺利的在10分钟之内可以完成，稍微麻烦一点的十几分钟也可以完成。做无痛肠镜比较痛苦的主要是清洁肠道，病人需要喝大量水来排出体内大便，需要排便5-6次，才可以排出结肠内的大便。
有的患者在准备过程中可能会出现恶心、呕吐的情况，还有的患者排便时会非常难受，比如可以出现腹痛、下坠感等。尤其肠道有问题的患者，在清洁肠道的时候会更困难，可能需要清洁肠道2-3次，比较痛苦。做无痛肠镜本身需要能够耐受麻醉，比如心肺功能正常、没有服用禁忌类的药物等。