糖胺多糖在基质中的分布不均匀，紧靠软骨陷窝的部位，硫酸软骨素较多，此处呈强嗜碱性，形似囊状包围软骨细胞，故此区域称软骨囊。软骨囊是关节里面的软骨基质组织，作用主要是使关节软骨的表面光滑，减少摩擦，从而使关节更加灵活，在关节运动的时候能够起到减缓冲击的作用，对关节有一定的保护，特别是对软骨细胞有一定的保护作用；软骨囊还可以分泌滑液，润滑关节，起到减震的作用。如果软骨囊出现病变，就会容易引起骨性关节炎、关节积液的出现。