卵巢功能异常综合征的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明。不同类型其病因不尽相同，即使在同一类型中也存在异质性。
一、主要病因
1、生殖内分泌轴因素：大脑皮层和中枢神经系统受到机体和外界各种因素刺激后，引起下丘脑-垂体-卵巢轴功能调节或靶细胞效应异常。
2、年龄因素：绝经过渡期女性激素水平波动很大，在卵泡完全停止生长发育后雌激素水平迅速下降。青春期女性下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对激素的反馈作用存在缺陷，引起激素分泌失调。
3、神经递质因素：患者在黄体后期循环中类阿片肽浓度异常降低，引起内源性阿片肽撤退，影响精神、神经、行为方面的变化。
二、诱发因素
1、精神紧张：当受到外界打击时，机体极度紧张易引发应激反应，引起激素分泌紊乱，从而诱发卵巢功能异常综合征。
2、饮食紊乱：过度节食或暴饮暴食易造成外周组织对胰岛素的敏感性降低，过量胰岛素作用于垂体的胰岛素受体，可增强黄体生成素释放并促进卵巢和肾上腺分泌雄激素，从而诱发卵巢功能异常综合征。