新生儿肠道病毒感染的病因多种多样，其中新生儿肠道病毒感染的主要原因是亲属或医护人员与新生儿亲密接触所导致的，其他如宫内感染等也可导致疾病发生。
亲属或医护人员与新生儿亲密接触：新生儿肠道病毒感染患者体内可同时分离多种病毒株，经过对病毒株的确认，发现所有的病毒株较易接近于同一时间社区流行的病毒株，表明新生儿肠道病毒感染的主要原因是亲属或医护人员与新生儿亲密接触所导致的，从而影响新生儿正常的生长发育。