男性排尿的时候出现尿道疼痛，先要明确病因。如果疼痛的同时有尿频、尿急、尿道分泌物增多，以及尿液中白细胞明显升高，通常是尿道急性感染的表现，也就是尿道炎，口服抗生素即可。偶发的单纯尿道炎，通常治疗一周左右即可痊愈，如果是长期迁延不愈，或者反复发作的尿道炎，应该做尿的病原学培养和药物敏感性测试，再选用合适的抗生素进行治疗。
治疗期间要注意多饮水，不要喝酒，以及不要进食辛辣刺激的食物。性生活的时候最好戴避孕套，避免交叉传染。如果尿液化验基本正常，很可能是前列腺炎的表现，可以做前列腺液的分析，如果前列腺液中白细胞增高，可以基本断定是前列腺炎。前列腺炎除了口服抗生素以外，还可以服用辅助治疗的药物，例如α受体阻滞剂以及植物类的药物。当然除了前列腺炎和尿道炎，其他疾病也常常出现尿痛的症状，比如膀胱结石、输尿管末端结石、膀胱肿瘤、前列腺癌以及尿路结核、间质性膀胱炎、膀胱过度活动症等，最好在医院做相应的化验和检查，排除以后再进行治疗。