胆道感染较轻时可使用抗生素进行治疗，若病情严重或反复发作，建议手术治疗，通常能获得良好的治疗效果。
一、急症治疗
胆道感染患者如果腹部疼痛严重，可以肌肉注射阿托品，如果不能缓解，可以即刻手术。
二、原发病治疗
目前药物不能完全溶解或排出较大的结石，所以胆结石引起的胆道感染一般需要做手术切除胆囊。急性非结石性胆囊炎一旦确诊坏疽、穿孔，也要及早手术。慢性胆囊炎应行胆囊切除，不能耐受手术，可以暂时应用抗生素。急性梗阻性化脓性胆管炎，应立刻解除胆道梗阻并引流。
三、药物治疗
1、促进胆汁分泌的药物：乙酰胆碱、胃泌素、促胰液素可作用于肝细胞，增加胆汁的分泌。舒胆灵、去氢胆酸及中药茵陈能促使胆汁的分泌，高蛋白质饮食(蛋黄、肉、肝等)可引起胆汁流出增多。
2、解除胆道痉挛药物654-2、阿托品、硫酸镁等，能使Oddi括约肌松驰，减轻胆总管下段痉挛性梗阻。当胆道痉挛引起胆绞痛时，可舌下含服三硝酸甘油片或吸入亚硝酸异戊酯，往往能解除痉挛。
3、增加胆囊收缩的药物，如硫酸镁，可引胆囊收缩。
四、手术治疗
如果药物治疗效果不好，可以选择手术治疗，一般是在腹腔镜下进行胆囊切除。如果胆囊积脓，可以在超声引导下经皮经肝胆囊穿刺引流。如果病变在胆管，可视具体情况进行经皮肝胆管引流、胆总管切开减压及T管置入。