治疗灰指甲的药物可根据灰指甲的病情轻重程度不同而有所不同。在灰指甲初期，即病情较轻的时期，可以采用外用药物治疗，其中包括软化指甲的药物以及治疗病原菌的药物，软化指甲的药物可以选择水杨酸类药物，外用治疗病原菌的药物一般为抗真菌类药膏，比如达克宁软膏、亮甲等。病情比较严重的时候，则需要全身抗真菌治疗，一般是使用口服抗真菌类的药物治疗。