囊肿疼痛常是由于以下原因共同造成的：第一、牵拉导致的，当囊肿逐渐长大时，囊肿表面的神经不能够变长，表面的神经会受到牵拉引起疼痛，囊肿越大神经越丰富，疼痛就会越剧烈。第二、囊肿破裂，当囊肿有液体外渗时，其成分的特殊性会刺激到周围组织，就会引起疼痛。第三、囊肿感染，当囊液积存时间过长时，会引起囊内感染，感染的液体会刺激身体产生许多组胺、白三烯等炎性介质，在局部汇集就会引起疼痛。第四、挤压因素，当囊肿较大时，会挤压到周围的组织或器官，也会引起疼痛。