胸部阿米巴病患者多数首选药物治疗，进行彻底清除阿米巴病原体和抗感染治疗。对于药物治疗无效者需要手术治疗，多数患者的治疗周期为6~8周。
一、药物治疗
1、甲硝唑：属于硝基咪唑类药物，为取得最佳疗效，可联合用药。主要用于治疗或预防厌氧菌引起的系统或局部感染。消化道反应是最为常见不良反应，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，但一般不影响治疗。
2、去氢依米丁：属于抗阿米巴药物，但大多数抗阿米巴药物不能对所有部位的病原均有杀灭作用。去氢依米丁可以清除体内阿米巴病原体，避免造成体内更大的破坏，属于根治性药物。但注意有恶心、呕吐、腹部疼痛、食欲不振等副作用。
3、替硝唑：硝基咪唑衍生物，疗效与甲硝唑类似，对溶组织阿米巴有良好活性。不良反应少而轻微，偶有消化道症状、个别眩晕感、口腔金属味、皮疹等。
4、氯喹：能消灭阿米巴滋养体，用量大、疗程长可能会有较重的反应，如头晕、头痛、眼花、恶心、胃肠道反应、皮疹等改变。
二、手术治疗
1、肺穿刺引流术：适于药物治疗无效，肺部病灶较大，有穿破危险者采用穿刺引流。穿刺最好于抗阿米巴药物治疗2~4日后进行。穿刺次数视病情需要而定，每次穿刺应尽量将脓液抽净，脓液量在200ml以上者常需在3~5日后重复抽吸。经导针引导作持续闭合引流的介入性治疗，可免去反复穿刺、继发性感染的缺点。
2、肺叶切除术：适于病程较长合并肺脓肿的患者，通过手术切除病变的肺组织，避免阿米巴病原体继续侵犯周围肺组织。手术创伤较大，但治疗彻底，术后可能有呼吸功能影响，通过锻炼可逐渐恢复。