1、裂隙灯显微镜检查：裂隙灯显微镜是诊断滤泡性结膜炎的基本检查手段，可见结膜各部位，尤其是睑裂部球结膜是否出现圆形隆起的灰白色不透明的结节，以及周围充血发红，可以为临床诊断提供客观依据。可以累及角膜缘、角膜，表现泡性角结膜炎、束状角膜炎等。
2、荧光素染色：滤泡性结膜炎、泡性角结膜炎、束状角膜炎等结节坏死破裂形成溃疡，荧光素染色可显示是否出现结膜部位为黄色，角膜部位表现绿色。
3、刮片检查：滤泡性结膜炎刮片可见是否有淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞的堆积现象。