冠状动脉异常起源主动脉的患者如果没有明显症状，大多不需要特殊治疗，如果因冠状动脉走行异常导致引发其他症状或并发疾病，如心力衰竭、心肌梗死时，则需立即治疗，治疗手段主要为手术治疗，患者治疗周期通常为1~2个月。
一、药物治疗
本病无有效的药物治疗。
二、手术治疗
1、异常冠状动脉开口重塑术：在窦-管连接处做主动脉横切口，充分显露左冠状动脉异常开口或右冠状动脉开口的位置。当异常开口位于右窦邻近主动脉瓣交界时，应靠主动脉壁切开和游离交界。切开裂缝样切口并沿异常冠状动脉纵轴延长和扩大至左窦。切除部分在冠状动脉与主动脉间的共同血管壁，并将血管内膜对拢和间断缝合。应用带垫片的褥式缝合把瓣膜交界固定在主动脉壁上。缝合主动脉切口，开放主动脉，复温和心脏复搏。心电图监测无心肌缺血后逐渐停止体外循环转流。
2、冠状动脉旁路移植手术：有些病例不能应用异常开口重塑术者，可选用内乳动脉或大隐静脉冠状动脉旁路移植手术。