单纯性肾囊肿一般没有症状，多数囊肿是因为其它的目的行影像学检查时偶然发现，这种单纯性肾囊肿几乎不影响肾功能，恶变的机会也很小。因此对于无症状，也没有并发症的患者，是不需要治疗的，可以半年至一年复查一次。对于引起疼痛、不适、尿路梗阻、感染、出血、高血压、肿瘤、有破裂可能或已破裂的囊肿，则需要尽早治疗。对于直径较大的，超过5cm的囊肿，可以考虑穿刺抽液然后注入硬化剂，以防止复发。对于直径超过10cm，体积超过500mL的巨大囊肿，可疑癌变的囊肿或穿刺后复发的囊肿应考虑行手术治疗。