所有的卵巢肿瘤都是由于卵巢的细胞发生基因突变导致的，根据细胞异型性的不同，分为良性和恶性。儿童卵巢肿瘤也一样，也是由于卵巢细胞的基因发生异常改变导致的。一般来说，儿童期出现的卵巢肿瘤多为良性，且以生殖细胞来源肿瘤最常见，比如成熟性畸胎瘤，也有部分为恶性，比如未成熟性畸胎瘤、无性细胞瘤、内胚窦瘤等等。其他如浆液性或粘液性囊腺瘤等等，也多为良性肿瘤。