儿童脑囊肿它的病因一般分为两种，第一种就是先天性原因，它主要是由于在胚胎时期脑脊液增加之后，局部液体流动速度变小导致蛛网膜呈内残留潜在性囊腔。蛛网膜在胚胎期发育异常，将蛛网膜小块分裂成两层，脑脊液聚集成为囊肿。胚胎期，脑叶形成不全及胎儿期脑损伤也可以形成囊肿的病因。后天性的原因主要是由于产伤和生后外伤，颅内出血，颅内感染产生粘稠分泌物可造成蛛网膜粘连，从而使蛛网膜下腔和脑池发生明显阻塞，加之单向活瓣和脑脊液搏动的推动作用，形成囊肿。