目前国内外公认的诊断子宫内膜异位症的最准确的方法就是腹腔镜检查。在镜下看到典型子宫内膜异位症的病灶，就可以确诊。另外还有抗子宫内膜抗体的测定，抗子宫内膜抗体是以子宫内膜为靶抗原并引起一系列免疫反应的自身抗体，此测定对于子宫内膜异位症的检出率可以达到70%到80%。其他的辅助诊断方法还有血清CA125测定，和影像学检查。