试管婴儿可能会有卵巢过度刺激综合征、多胎妊娠的风险，取卵过程中也有并发症的可能性。试管婴儿总体是一项比较安全的不孕症治疗手段，但是仍然有一定的并发症可能，比如卵巢过度刺激综合征，是由于超促排卵中多个卵泡发育所导致的一系列并发症，临床上可能会表现为胸水、腹水、肝肾功能受损、体内血栓形成和成人呼吸窘迫综合征等，严重的可能会危及生命。
多胎妊娠可能会出现流产、早产、妊娠期高血压疾病、产后出血等并发症的风险，在取卵过程中也可能会有出血、感染、麻醉意外等风险。因此，试管婴儿需要严格掌握指征，有指征的患者才可以考虑试管婴儿治疗。