偏头痛的治疗目前包括发作期治疗和预防期治疗两个部分，其中发作期治疗一般是使用止痛药物，通常在症状开始发作时就要立即服药，常用的药物是非甾体类的消炎镇痛药以及阿片类的药物，还有一些特异性的止痛药，比如麦角胺类和曲普坦类。其中最常用的是布洛芬、萘普生、阿司匹林、麦角胺、双氢麦角胺、舒马曲普坦、佐米曲普坦等。
预防性治疗主要是患者在急性期治疗效果差，或者是频繁发作影响日常生活时使用，预防性治疗常用的药物有普萘洛尔、氟桂利嗪、托吡酯、阿米替林、加巴喷丁等，这些药物有抗抑郁剂、钙离子拮抗剂，还有治疗癫痫的药物，都能够起到预防的作用。