生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒治疗和对症处理。生殖器疱疹患者可在专科医生的指导下，口服阿昔洛韦或伐昔洛韦进行抗病毒治疗。还可以口服左旋米唑，刺激免疫，增强抵抗力。疼痛难耐者可口服消炎痛。另外口服一些清热解毒的中成药和汤剂草药，如龙胆泻肝汤，知柏地黄丸，除湿胃苓汤等，对临床不适症状的缓解，也有一定的帮助。