自身免疫性甲状腺炎主要是机体免疫功能紊乱对甲状腺滤泡细胞造成损伤，对甲状腺病理学检查会发现甲状腺细胞当中有大量淋巴细胞的浸润，所以又称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎。自身免疫性甲状腺炎最突出的特点就是血清当中的抗甲状腺球蛋白抗体，或者抗甲状腺过氧化酶抗体的水平明显升高，严重的就会导致原发性甲状腺功能减退的发生。自身免疫甲状腺炎目前没有特别有效的药物，有研究发现口服硒酵母片具有调节免疫、降低抗体水平的作用，但是疗效不是十分确切，如果合并甲状腺功能减退，口服优甲乐替代治疗就可以。