结膜炎通常分为两种，一种是感染性结膜炎，细菌、病毒、真菌、微生物感染。有的是非感染性的，比如过敏、慢性疲劳、炎症、外界的刺激等引起的结膜炎。细菌性结膜炎常用的药物是妥布霉素类的、喹诺酮类的，现在常用的是可乐必妥。喹诺酮类最新一代叫莫西沙星。治疗病毒感染的眼药水是更昔洛韦。
自身免疫有关系的疾病需要抗炎的药水，一般含有激素，常用的叫托百士和地塞米松合剂、碘必殊眼药水。过敏导致的有专门抗过敏的药物，如帕坦洛类药物，抗组胺或者抑制肥大细胞的药物也可以。不管是哪种药物，应用抗炎药、抗生素的眼药水，应该在医生的指导下应用。因为长期应用会有很明显的副作用，甚至是有很严重的后果。