咳嗽晕厥综合征的治疗以控制咳嗽为主，可通过病因治疗，或通过药物对症治疗缓解咳嗽的症状。此外，中医治疗也可控制咳嗽，少数呼吸困难者需开放气道或无创通气治疗，保持呼吸道通畅。
一、药物治疗
1、可给予平喘、止咳、化痰治疗，如酮替芬、沙丁胺醇、可待因等。
2、必要时，可用超声雾化器将庆大霉素、溴己胺、地塞米松、α-糜蛋白酶、生理盐水等药物雾化治疗。
3、可根据病情选择合适的抗生素，积极控制感染，减轻和消除炎症。
二、手术治疗
咳嗽晕厥综合征无需手术治疗。
三、中医治疗
咳嗽性晕厥以痰厥为多见，亦有气厥，主要治疗以清肝泻火，使肝火得清，肺气得降，气机和调，则咳嗽平复、晕厥亦止。
四、其他治疗
1、对呼吸困难者，宜尽快去除鼻、咽、喉、气管、支气管的异物和分泌物，必要时开放气道，彻底吸痰，力求呼吸道的畅通。
2、对于阻塞性睡眠呼吸暂停综合征伴阻塞性通气功能障碍患者，给予呼吸机持续正气压模式进行无创通气治疗。