心脏瓣膜病的药物治疗主要是针对并发症的治疗，比如心脏瓣膜病的患者出现了房颤等心律失常，需要使用抗心律失常药物进行治疗。对于房颤的瓣膜病患者还需要口服华法林这种抗凝药物，进行预防血栓的治疗。
心脏瓣膜病的患者如果出现了心衰的并发症，就需要使用治疗心衰的药物治疗，比如口服利尿剂，减轻心脏负担。口服洋地黄类药物来强心，减慢慢心室率，治疗心功能衰竭。严重的心脏瓣膜病，需要进行心脏外科的手术治疗。