判断肛瘘瘘管位置的高低应该结合辅助检查，磁共振检查仍然是目前检查肛瘘的金标准，磁共振上可以看出肛瘘瘘管与肛提肌之间的关系。如果瘘管位于肛提肌以下，称之为低位的肛瘘。如果瘘管跨过肛提肌，称之为高位的肛瘘。单纯从肛门周围的查体或者外口的位置，无法准确的判断，但可以初步的作出判断。因为低位的肛瘘大多可以在肛门周围、外口与肛门之间摸到条索状的瘘管，而高位的肛瘘并不能触及瘘管。