婴幼儿直肠脱垂以非手术的一般治疗为主；成人的黏膜脱垂可采用硬化剂注射治疗及黏膜切除术。成人的完全性直肠脱垂原则上以手术治疗为主，同时尽量消除直肠脱垂的诱发因素。轻症患者手法复位可立即恢复，需手术者治疗周期在1~2周。
一、一般治疗
幼儿直肠脱垂有自愈的可能，应注意缩短排便时间，便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，用胶布固定双臀等。成人应积极治疗便秘、咳嗽等引起腹压增高的疾病，以避免加重脱垂程度和手术治疗后复发。直肠脱出后需立即托回，防止脱垂黏膜受损，复位后可用纱布卷堵住肛门，也可用丁字带压紧肛门以防脱出。
二、药物治疗
将硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层内，使黏膜与肌层产生无菌性炎症，粘连固定。主要适用于黏膜脱垂。常用硬化剂为5％苯酚植物油、5％盐酸奎宁尿素水溶液。对儿童与老人疗效尚好，成年人容易复发，不适合Ⅲ度直肠脱垂的患者。
三、手术治疗
成人完全性直肠脱垂以手术治疗为主，手术方法较多。按手术入路分为经腹、经会阴、经腹会阴和经骶部四种术式。全身情况好者采用经腹术式，老人及高危患者作经会阴术式治疗，其中根据病因及病理改变不同，可有很多术式可供选择，大致手术方法为缩窄肛门、消除直肠膀胱或子宫陷凹，修补加强骨盆底和肛提肌，提高、固定直肠，切除部分冗长的直肠、乙状结肠。很多手术是几种方法的结合。目前常用手术有以下几种：
1、直肠悬吊固定术：1、Ripstein手术(Teflon悬吊术)：经腹切开直肠两侧腹膜，将直肠后壁游离至尾骨尖，向上牵拉直肠，将宽约5cm的四氟聚乙烯网带围绕直肠上部，两端固定于骶岬下方的骶前筋膜及骨膜上，将网带边缘缝合于直肠前壁和侧壁。手术要点为提高盆腔陷凹，手术简单，不切除肠管，复发率和死亡率低。该手术目前在美、澳等国较流行，但仍有一些并发症，如便秘、肠腔狭窄和悬带脱落。
2、聚乙烯醇(Iva-lon)海绵植入术：直肠后方悬吊固定术，经腹游离直肠至肛管直肠环后壁，将半圆形Ivalon海绵薄片缝合于骶骨凹内，将直肠向上牵紧，使海绵片包绕直肠，缝合于直肠侧壁，前壁留2~3cm宽空隙，避免肠腔狭窄，术后Ivalon海绵周围产生炎症及纤维化，使直肠变硬并与骶骨固定，避免肠套叠形成。此法复发率及死亡率低，主要并发症是植入海绵片引起盆腔化脓，一旦发生感染，需取出悬吊薄片。预防要点：术前充分肠道准备，海绵薄片内放置抗菌药物粉剂，术中用大剂量广谱抗菌药物，止血彻底，术中如不慎弄破结肠，则不宜植入。
3、骶骨上直肠悬吊术：此术由Orr首创，用两条股部阔筋膜将直肠固定于骶骨上，每条宽2cm，长10cm。适当游离直肠，将筋膜带一端缝在直肠前外侧壁，向上牵紧直肠，将两条筋膜的另一端固定于骶岬上方的筋膜，达到悬吊的目的。近年来主张用尼龙、丝绸带或由腹直肌鞘取下的两条筋膜替代阔筋膜带固定直肠。
4、耻骨上直肠悬吊术：由于耻骨直肠肌松弛无力，不能将直肠拉向前方，肛管直肠角消失，使直肠呈垂直位以致脱出。因此，他主张再建直肠吊带，重建肛管直肠角。术中用Teflon网带与直肠下端的侧方及后方缝合固定，最后将Teflon带缝在耻骨上，达到悬吊目的。此手术难度较大，主要并发症为出血及感染，需有经验者进行。
2、直肠前壁折叠术：根据成人完全性直肠脱垂的发病机制提出直肠前壁折叠术，经腹游离并提高直肠，将乙状结肠下段向上牵起，在直肠上端和乙状结肠下端前壁自上而下或自下而上做数层横形折叠缝合，每层用丝线间断缝合5~6针。每折叠一层可缩短直肠前壁2~3cm，肠壁折叠长度一般为脱垂的两倍，折叠凹陷向下，缝针只穿过浆肌层，不穿透肠腔。由于折叠直肠前壁，使直肠缩短、变硬并与骶骨固定，有时将直肠侧壁固定于骶前筋膜，既解决了直肠本身病变，也加固了乙状结肠直肠交界处的固定点，符合治疗肠套叠的原则。
3、直肠乙状结肠部分切除术：可分为经腹切除和经会阴切除。经会阴切除可在局麻下进行，手术简单、安全，手术死亡率和并发症率低，适用于老年高危患者，但切除不够彻底，长期复发率高于经腹手术者。经腹切除既治疗完全性脱垂，同时也改变便秘，疗效可靠，术后复发率低，但有一般结、直肠切除吻合的并发症。
4、经会阴直肠乙状结肠部分切除术：即经会阴脱垂肠管一期切除吻合术(Altemeier手术)。此手术适用于不宜行经腹手术的老年患者，脱垂时间长，不能复位或肠管发生坏死者。优点是：从会阴部进入，易看清解剖变异，便于修补。可在局麻下进行，不需植入人造织物而减少感染机会，死亡率及复发率低。但本法仍有并发症，如会阴部及盆腔脓肿，直肠狭窄等。
1、经会阴直肠黏膜切除肌层折叠术：齿线上1~2cm处环形切开黏膜至黏膜下层，将黏膜与肌层分离成袖状直到脱垂顶端并完全切除，将数针缝线穿过脱垂底部黏膜边缘，穿过数处肌层由顶部黏膜边缘穿出，结扎后使肌层折叠，黏膜对合。此术式手术创伤小、恢复快，但远期复发率较高。有文献报道复发率达8％，并且发现复发率与年龄有关。
2、经腹直肠乙状结肠部分切除术：方法类似直肠前切除，术中切除冗长、游离的乙状结肠和直肠，行一期吻合，术后吻合口与盆腔及骶骨粘连固定以制止脱垂，对伴有乙状结肠憩室等病变及慢输型便秘患者尤为合适。有时行前切除后，可将直肠后壁固定于骶前筋膜，称切除固定术或Goldberg手术。
5、经肛门手术：1、肛管紧缩术：在局麻下进行，将尼龙网带、硅橡胶或金属丝置于肛门口皮下，使肛门缩小，以此来机械性地支撑直肠，阻止其脱垂。手术简单，创伤小，适用于年老体弱者。但复发率高，易并发便秘及粪便嵌塞.
2、吻合器痔上黏膜环切术：用一种PPH吻合的特殊手术器械，通过对直肠黏膜及黏膜下层组织进行环形切除和吻合，治疗直肠脱垂。此术式安全、手术时间短、手术创伤小及恢复快，但直肠全层脱垂不适合行此术。有时要结合传统手术。远期复发率较高。
6、经腹腔镜直肠固定术：近年来，微创手术发展迅速，腹腔镜手术在直肠脱垂治疗中显现出其优越性，手术创伤小、术中出血少、术后恢复快、住院时间短及并发症少，适用于不能耐受开腹手术的直肠脱垂患者。术中先经腹腔镜游离乙状结肠和部分直肠，暴露骶骨，将一钛制的4cm×10cm长方形筛网用双尖钉固定于骶骨前、直肠后，最后把筛网两侧固定于直肠外膜上。