沙眼衣原体的治疗可以分为两种：局部用药和系统用药，局部用药常用的眼药水有：10%到15%的磺胺醋酰钠，0.25%的氯霉素，0.1%的利福平，0.5%的红霉素，眼膏剂主要是四环素族的各种眼膏，每日点4-6次，睡前涂眼膏于下穹隆部结膜囊内，连续用2-3个月。对于系统用药有：四环素，红霉素，利福平，磺胺类制剂。另外的，当沙眼衣原体出现严重并发症时，还可以采取手术治疗。