治疗伤寒杆菌一般使用抗生素的时间是14天。通常使用第三代喹诺酮类药物是首选，一般4天就可以退烧，治愈率达百分之九十六以上。复发和转变为慢性带菌者仅有2%，但是随着第三代喹诺酮类药物的广泛应用，已有报道有些耐药菌株出现。如果出现耐药推荐使用第三代头孢类抗生素，有报道治疗伤寒的退热时间一般比第三代喹诺酮类药物稍长，但是治愈率90%以上。不论使用喹诺酮类还是使用头孢类疗程都是14天。