肾囊肿分为单纯性肾囊肿和先天性多囊肾，单纯性肾囊肿在发现后需要定期观察，每半年到一年检查一次。
如果肾囊肿逐渐增大，大于4cm以上可以考虑介入治疗，因为巨大的肾囊肿可以导致局部压迫症状，引起腹痛、腰痛、尿路感染以及血尿等。
先天性的多囊肾，如果有家族遗传性，一旦诊断后需要动态的观察血压、肾功能及囊肿的增大情况，有无合并囊内出血、感染。
在日常的生活中要做到低盐、低脂饮食，控制体重，尽可能的减少各种药物的使用，定期复查，防止多囊肾导致的肾功能衰竭发生。
一旦发生肾功能衰竭，需要进行对症治疗以及肾脏替代治疗。